液相系統中的第二類顆粒物來源是流動相。如果HPLC系統中存在顆粒雜質,那么系統中的幾個部件都不可以良好地運行。這些部件包括比例閥、止回閥、管路和色譜柱的濾頭。由于這個原因,使用沒有顆粒雜質的流動相非常重要。如果不是使用HPLC級別的溶劑作為流動相。那么流動相的組成成分必須在加入儲液瓶之前經過過濾。對于那些受監管的工作環境,應該有一份標準操作程序(SOP)的書寫文檔,說明什么時候有必要對流動相進行額外過濾,什么時候不必要。
使用預先過濾過的溶劑是避免雜質顆粒進入流動相的zui簡單的方法。市場上銷售的HPLC級別的溶劑在包裝前預先經過亞微粒(通常為0.2μm)過濾器過濾。實驗室里(比如Milli-Q水凈化處理)準備的HPLC級別的水最后一步要通過0.2μm的過濾器過濾。如果在流動相里只用HPLC級別的液體,一般共識的就是不需要在使用之前操作任何額外的過濾程序。然而,假如使用的是非HPLC級別的試劑或者在流動相里加入了任何固體的試劑(比如磷酸鹽緩沖劑),那么最明智的做法就是在使用之前過濾所有的流動相混合物。
流動相可以很容易地通過流動相真空抽濾裝置來過濾。一般步驟是首先將微孔濾膜(通常孔徑0.5μm)放置在漏斗和真空燒瓶之間的支撐濾頭上。然后把溶劑倒入漏斗然后在真空泵的協助之下,收集(過濾后的)溶劑。抽濾器生產商為不同的過濾應用提供了合適的過濾器材料的選擇指導。比如,PTFE微孔濾膜具有疏水性,適用于純有機溶劑,比如甲醇或者乙腈,但因為非極性很強因此不適用于快速過濾水。真空燒瓶之間的密封材料是用磨砂玻璃制成的,或者是一種“惰性"的瓶塞(比如硅酮),但是最好還是不要讓流動相和瓶塞接觸。